Sequenzierschrott oder Goldgrube? - Genomkontaminationen und das geheime Leben der Insekten
- Beschreibung
Gerade bei kleinen Insekten ist oft wenig über Futterpflanzen und Mikrosymbionten bekannt. Am gefangenen Tier lassen sich diese Interaktionen meist nicht mehr nachvollziehen und eine Beobachtung in freier Wildbahn ist oft schwierig und selektiv. Um ökologische Netzwerke mit molekularen Methoden zu rekonstruieren, sind teure und aufwändige Methoden notwendig.
Doch auch bei der klassischen Genomrekonstruktion eines einzelnen Genoms aus Sequenzierdaten fallen oft Kontaminationen durch fremde Organismen an. Normalerweise werden diese ungewollten Signale verworfen.
Im Projekt soll untersucht werden, was anhand dieser Kontaminationen über die Lebensweise verschiedener Hautflüglerarten herausgefunden werden kann. Futterpflanzen und Symbionten sollen aus dem „genetischen Beifang“ rekonstruiert und untersucht werden. Hierfür stehen die Sequenzierdaten und Genome von acht verschiedenen Hymenopterenarten (Bienen & Wespen) zur Verfügung.
- Projektzeitraum
- Sommersemester 2026
- Bewerbungszeitraum
- 07. bis 20.04.2026
- Durchführung
- semesterbegleitend
- Details zu Projektzeitraum und Durchführung
Die Zeit ist in Absprache mit den Studierenden flexibel einteilbar.
- Studienfach
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Agrarbiologie
Biologie - Betreuende
- Ronja Reinisch
- Institut
- Institut für Biologie (190) (190t - Chemische Ökologie)
- Sprache
- deutsch
- Teilnehmendenanzahl
- min. 1, max. 4
- Arbeitsaufwand
-
ca. 60 Stunden pro Teilnehmende:r
| 2
ECTS-Punkte
Arbeitsaufwand (Stunden und ggf. ECTS) sind ungefähre Angaben. Die tatsächlich vergebenen ECTS-Punkte ergeben sich aus der tatsächlich geleisteten Arbeit.
- Für dieses Projekt ist kein Motivationsschreiben des Studierenden erforderlich
- Projektart
- experimentell
- Lernziele
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Die Teilnehmende lernen in diesem Projekt:
> Analyse genomischer Daten und Verknüpfung mit ökologischen Fragestellungen
> Arbeiten mit bioinformatischen Programmen auf einem Rechenserver
> Hintergrundwissen zur Lebensweise verschiedener Hymenopterenarten
> Auswertung der Ergebnisse und Evaluierung der Eignung der Methode
> Darstellung des Projektes durch Präsentation eines Posters - Anmerkungen für Studierende
Rechenressourcen werden bereit gestellt - Berechnungen müssen nicht auf dem eigenen Computer durchgeführt werden. Zeit flexibel einteilbar. Vorkenntnisse in Genanalyseprogrammen und Kommandozeilenarbeit nicht notwendig, aber von Vorteil. Je nach Anzahl der bearbeiteten Genome und Teilnehmer 1-4 ECTS möglich. Kontaktadresse für weitere Fragen: ronja.reinisch@uni-hohenheim.de
- Schlagworte
- Insekten, Genome, Assemblies, Symbiose, Ökologie